水冷卻器需要定期清洗維護，否則冷卻器散熱效果會下降。

冷卻水大多數含有鈣、鎂離子和酸式碳酸鹽。當冷卻水流經金屬表面時，有碳酸鹽的生成。另外，溶解在冷卻水中的氧還會造成金屬腐蝕，形成鐵銹。由于銹垢的產生，換熱效果下降。嚴重時不得不在殼體外噴淋冷卻水，結垢嚴重時會堵塞管子，使換熱效果失去作用。水垢沉積物對熱傳輸的損失影響巨大，隨著沉積物的增加會造成能源費用的加大，節約能源、延長設備的使用壽命，同時節約生產時間和費用。

因此水冷卻器需要日常維護，定期清洗。傳統的清洗方式有機械方法（刮、刷）、高壓水、化學清洗(酸洗)等。

水冷卻器停用時，應先停熱流后停冷流。如果需要進行檢修，應按照掃線規程掃凈管殼程內介質，待設備本體溫度降低至許可溫度后方可檢修。

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